Em 2012, o Mozarteum passou a realizar o Música em Trancoso, festival internacional que acontecia anualmente no sul da Bahia, no Teatro L’Occitane.
Sua programação eclética reunia música clássica, popular, jazz, world music, com participação de artistas exponenciais do Brasil e da cena mundial.
Além de espetáculos, a programação incluia atividades gratuitas como concertos ao ar livre, masterclasses e aulas de iniciação musical para crianças de escolas da rede pública da região.
Música em Trancoso realizou-se até 2019 sob a coordenação do Mozarteum Brasileiro. Em 2020, foi interrompido por causa da pandemia do novo coronavírus.